HPV enfeksiyonlarının çoğu belirti vermeden uzun süreli klinik seyir göstermektedir. Önceleri HPV vücuda girdiğinde artık hiç atılamayacağı, kronikleşeceği düşünülmekteydi. Zannedilenin aksine HPV enfeksiyonlarının %60-70 ‘i 1 yıl içerisinde, %90’ı 2 yıl içerisinde bağışıklık sistemi tarafından vücuttan atılmaktadır. HPV virüsünün vücuttan atılması için bağışıklık sisteminin kuvvetli olması çok önemlidir. Bağışıklık sisteminin yetersiz olması virüsün vücuttan atılması önündeki en büyük engeldir. Virüs kana karışmadığı için kuvvetli bir sistemik bağışıklık yanıt olmamaktadır, virüs çoğunlukla bölgesel bağışıklık mekanizmaları ile vücuttan atılır. Vücuttan atılamayan virüs ilerleyen yıllarda kanser öncüsü lezyonlara neden olabilmektedir.