HPV enfeksiyonlarının çoğu belirti vermez. Belirti verecekse bu genellikle genital bölgede siğil şeklinde olur. Genellikle de enfeksiyonların çoğu kendiliğinden gerilemekte, vücuttan atılamayanlar ise kanser öncüsü lezyonlara ve kansere neden olabilmektedir. Genital siğiller, genital cilt ve mukozada görülürler ve genital kondilom olarak da isimlendirilirler. Siğiller özellikle tahrişin olduğu yerlerde, kadında vajina girişinde, erkekte penis sünnet derisi kısmında daha sık gözlenir. Kondilomlar vulva, vajina makat arasındaki bölge, makat, vajina ve rahim ağzında görülür. Bu bölgelerde düz, yassı, saplı veya sapsız oluşumlar şeklinde gözlenirler. Siğiller deri, ağız ve boğazda da görülebilmekte ve ciddi sağlık sorunlarına neden olmaktadır. Yüksek riskli HPV tipleri rahim ağzı hücrelerine yerleşip belirti vermeden uzun yıllar kalabilirler ve bu hücrelerde kansere dönüşüm riskini artırırlar.