Shumica e infeksioneve HPV kanë një rrjedhë klinike afatgjatë, pa simptoma. Më parë mendohej se kur HPV hynte në trup, nuk mund të eliminohej kurrë dhe do të bëhej kronik. Në kundërshtim me besimin e zakonshëm, 60-70% e infeksioneve HPV eliminohen nga trupi brenda një viti nga sistemi imunitar, dhe 90% brenda 2 vitesh. Është shumë e rëndësishme që sistemi imunitar të jetë i fortë për eliminimin e HPV-së nga trupi. Një sistem imunitar i dobët është pengesa më e madhe për eliminimin e virusit nga trupi. Meqenëse virusi nuk hyn në qarkullimin e gjakut, nuk ka një përgjigje të fortë sistemike imunitare; virusi zakonisht eliminohet nga mekanizmat rajonalë të imunitetit. Virusi që nuk mund të eliminohet nga trupi mund të shkaktojë lezione pararendëse të kancerit në vitet në vijim.