Dihet që HPV transmetohet në zonën e kokës dhe qafës përmes seksit oral. 25% e kancerit të gojës dhe 35% e kancerit të fytit mendohet të jenë të lidhura me HPV. Prandaj, për pacientët që kanë lytha orale, protokolli i trajtimit dhe ndjekjes së HPV-së duhet të ndiqet njësoj si për lythat gjenitale. Së pari, identifikohet tipi i HPV-së. Nëse është tipi me rrezik të lartë, pacienti duhet të jetë nën një ndjekje të rreptë. Nëse është e nevojshme, protokolli i vaksinimit duhet të ndiqet plotësisht. Për diagnostikim dhe trajtim të hershëm të kancerit të kokës dhe qafës, pacientët duhet të ndiqen nga një specialist ORL me përvojë në kirurgjinë e kokës dhe qafës.

Personat që mbartin HPV në gojë mund ta përhapin nga goja në gojë, nga goja në organet gjenitale dhe nga goja në anus.